
多大な犠牲を払った戦闘は終結した。ブリタニア、黒の騎士団はともに戦闘を終結する。しかし、神聖ブリタニア帝國皇帝シャルルはそんな政治を「俗事」として式根島、いや神根島へと急ぐのだった。
そんなシャルルに宰相シュナイゼルは不信感を募らせる。
数多の「俗事」が動く中、ルルーシュ、スザクは「決意」をした。アーニャもまたルルーシュの母たるマリアンヌとしてC.C.の記憶を取り戻し、共に神根島へ赴く。
神根島へと着いたスザクを待ち受けていたのはシャルルの護侍をつとめるKnight Of One、ヴァルトシュタイン卿であった。ルルーシュがギアスで起こした混乱に迎撃にでるKOO。
一方黒の騎士団ではゼロを粛正した東京部隊に、神楽耶らの主力が合流していた。不審な挙動を見せる前線に神楽耶たちの不信が募る。
アーカーシャの剣によって神を倒さんとするシャルルに対して、ルルーシュはついに追いついた。出入り口である遺跡を破壊する事で、不死身の皇帝を実質倒さん者として・・・。